A priori sí, pero manteniendo en la medida de lo posible la coherencia (temporal al menos). Vamos, como se ha venido jugando hasta ahora.
Otra cosa es que tú y tu grupo de juego decidáis mezclar héroes de la última alianza con los de la guerra del anillo (por ejemplo), eso es cosa ya de cada uno, obviamente (nadie te va a decir lo que tienes que llevar ni cómo jugar, salvo las restricciones para torneos...).
Además, los héroes de El Hobbit no pueden liderar tropas de ESDLA. Tendrías que hacer alianzas. Por ejemplo Dain de ESDLA con 12 Guardias de Khazad y una alianza con Thorin y 12 guerreros de Erebor.
Pero como ha dicho Lestat, también depende cómo juegues con tus amigos.